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DNA条形码技术查物种入侵又快又准


目前,我国已成为遭受生物入侵最严重的国家,国际自然保护联盟(IUCN)公布的全球100种最具威胁的外来物种中,入侵中国的达50余种。外来入侵物种每年在我国造成的直接和间接经济损失高达1300亿元。国家每年在治理外来物种上投入了巨大的物力、人力和财力。病媒生物也是进行生物战和生物袭击的主要载体。因此,对其传播疫病的风险程度做出科学分析和预测非常重要。

顶着炎炎的烈日,忍受着刺鼻的气味,中山检验检疫局的检验检疫人员在从英国进口的废纸中认真的翻找着,不放过任何一个夹带的入侵生物,突然大量蝇类成虫的样本和蛹出现在他们的眼前,但是他们没有太多的惊喜,他们知道,蛹的鉴定要等它们在实验室羽化成成虫后才能进行,至少需要数周的时间,如果是死蛹,那时间就更长。依照惯例将标本标示后送到本局技术中心进行鉴定,然后是耐心的等待。

5天后,技术中心就奇迹般的发来报告,截获的蛹为红头丽蝇。原来技术中心利用国际新技术DNA条形码技术,快速准确地鉴定出未知蛹为红头丽蝇,与Genbank(美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库)中发表的红头丽蝇数据相似度为100%,种类判断准确率为100%,检疫周期缩短了15~20天。这在以前根本是不敢想象的事。

传统做法-费时费力影响通关速度

物种的准确快速鉴定是采取进一步检疫措施,防止外来物种入侵国门的第一步,在卫生检疫和动植物检疫中有着特殊的意义和需要。出入境检疫过程中,无论是动植检还是卫检,经常会截获大量活体的,或者死亡的动物类群,尤其是节肢动物。其中不乏卵、幼虫、蛹和肢体残缺不全的样本,给物种的形态鉴定造成很大的障碍。目前在国际范围内对物种尤其是昆虫的鉴定,主要依据成虫的形态学特征。幼虫的特征差异小,而且有些特征在不同的发育时期不够稳定,因此根据形态学特征进行种类鉴定很难确保其准确性。在口岸的检疫工作中,通常是将卵、幼虫或者蛹培养成成虫后再进行鉴定,整个检疫鉴定过程时间长达数周。对鉴定者有很高的要求,鉴定者不仅要有扎实的专业知识,而且要有丰富的实践经验。另外缺乏庞大而系统的标本收集和鉴定对检验检疫部门往往是最大的障碍。费时费力,影响通关速度和贸易的发展。

比较优势-DNA条形码技术有三大优点

DNA条形码技术为解决这一难题提供了新的方法。与传统的形态鉴定相比较,DNA条形码技术具有三大优点。

对物种的鉴定不再受虫态的限制。当DNA条形码数据库中积累了足够多的数据后,对以后截获的卵、幼虫和蛹等非成虫虫态以及肢体残缺不全的物种,可以根据其条形码数据直接和数据库的数据进行对比,而达到物种鉴定的目的,没有必要将其培养成成虫再行鉴定,为进一步采取相应的检疫措施节约大量时间。

对鉴定者的经验和专业背景知识将大大降低。培养一个传统的分类工作者往往需要数年的专业培训,而且由于物种的极大丰富,大多形态分类工作者仅对某一个类群,甚至一个科或者一个属的物种能达到精确鉴定的程度,而对其他类群无法鉴定。随着分子生物学技术的发展,从不同生物样品中的核酸提取手段日渐成熟,DNA扩增技术越来越成熟,测序商品化越来越方便和便宜。分子分类只要求工作者接受一定的训练,有简单的分子操作技能就够了。当然,这需要建立在DNA条形码数据库极大丰富和准确的基础上。

对外来物种的鉴定更加准确快速。由于传统分类者知识的专一性,对本国的物种、自己熟悉的类群能达到准确鉴定的程度,但往往对外来物种则很难准确快速鉴定。需要跟国外的分类专家交换标本、交流意见,需要很长时间才能达到鉴定的目的。建立DNA条形码数据库,当数据库中的数据积累到一定程度,这个问题将迎刃而解,达到外来物种快速准确鉴定的目的。

DNA条形码技术

DNA条形码技术为近几年国际上刚刚兴起的应用于生物种类鉴定的新技术。对于节肢动物的鉴定主要是利用线粒体细胞色素氧化酶I的编码基因进行种类鉴定,是建立在DNA提取、扩增、测序和序列分析等现代先进的分子生物学基础上的一种新的分类手段。

目前国际上正在大规模建立生物条形码数据库,我国自然科学基金委今年的申请指南中也投资1000万人民币进行动物DNA条形码研究。中山检验检疫局于今年7月份开始应用此技术。

任重道远建立完善的数据库

但DNA条形码技术的广泛应用目前还很大程度上受数据库数据缺乏的限制,往往在应用过程中无法达到物种鉴定的目的。另外,由于受专业的影响,传统的形态分类学家往往没有现代分子生物学基础,而以往的好些研究中,分子生物学家往往又不熟悉形态分类。作为新基因片段投到GeneBank中的DNA序列,有可能不是形态分类学家正确命名的物种,导致GeneBank中一些物种的条形码数据张冠李戴,给条形码技术的实际运用带来困难,甚至引起混乱和误会。

由于物种鉴定在出入境检验检疫中的特殊重要性,很有必要建立截获物种的DNA条形码数据库。形态分类学家和分子生物学家由于对物种分类依据的不同观点,在物种的鉴定标准产生了分歧。事实上,形态分类为分子分类的基础,离开传统的形态分类,分子分类就失去了进一步运用的可能;分子分类则为传统分类提供了新的便捷的手段,对鉴定者的经验要求也比形态分类要求低。这就要求传统的形态分类学家和现代的分子分类工作者放弃分歧,齐心协力,建立完善的数据库。当数据库中积累有足够多的物种数据,DNA条形码技术就能得到广泛应用,在高通量、快速、准确的国境检疫业务中发挥其巨大优势。

资讯来源:中国质量新闻网   发表时间: 2010年12月10日